フォルダは755、phpファイルは644など、適切なパーミッションに変更するコマンドを紹介します。
どのコマンドを使用しても同じ効果を得られます。
ここではコマンドの紹介のみで解説は行いませんので、解説が必要な場合は参考文献のサイトをご確認ください。
chmod -R a=rX,u+w path/to/dir
find path/to/dir \( -type f -exec chmod 0644 {} + \) -or \( -type d -exec chmod 0755 {} + \)
find /path/to/dir -type d -exec chmod 755 {} +
find /path/to/dir -type f -exec chmod 644 {} +